深圳南山区到坪山区有56.9公里远。根据查询百度地图显示，驾车从深圳南山区到坪山区，耗时1小时10分钟，全程56.9公里，经过12个红绿灯，打车约179元，途经：惠深沿海高速、坪盐通道。因此，深圳南山区到坪山区有56.9公里远。