舟山黄鱼和福建黄鱼存在以下区别：
1. 外观：舟山黄鱼头部更尖，体形中等，鱼嘴为红色，鱼鳞为金黄色，鱼腹为白色。而福建黄鱼头略圆，鱼嘴为黑色，鱼鳞为灰黑色，鱼腹为灰白色。
2. 生长环境：舟山黄鱼主要生活在淡水中，而福建黄鱼主要生活在海水中。
3. 食物：舟山黄鱼主要以淡水鱼为食，而福建黄鱼则以海水鱼为食。
总的来说，舟山黄鱼和福建黄鱼在外观、生长环境和食物方面存在一定的差异。