两者区别有阴阳五行八卦理论、预测对象。
1、奇门遁甲主要研究的是阴阳五行八卦理论，而风后奇门则侧重于研究风和水的作用。例如，奇门遁甲通过分析奇门和九宫的组合来预测事物的走向，而风后奇门则通过观察风和水的行为来预测事物的变化。
2、奇门遁甲的预测对象比较广泛，包括人事、财运、健康等方面，而风后奇门的预测对象则比较特定，主要是风水和气象方面。