两地可以乘坐地铁1号线。
根据查询百度地图显示，从南京南站到南京科技馆全程距离3.5里，两地可以乘坐地铁1号线到达，乘坐地铁大约需要29分钟，路线为：从南京南站乘坐地铁1号线（八卦洲大桥南方向），经过1站，在花神庙站下车（2口出），步行1.2公里，即可到达南京科技馆。