12.9公里。根据查询百度地图得知，从福田口岸到深圳北站距离为12.9公里，自主驾车前往需要耗时34分钟。具体路线为：
1、首先，从福田口岸驶入裕亨路，进入渔农村二通道。
2、其次，从渔农村二通道驶入福强路，进入彩田路。
3、最后，从彩田路驶入梅观立交，进入玉龙路，即可到达目的地深圳北站了。