《针灸甲乙经》是一部汇编性著作，它是根据《素问》、《针经》(即《灵枢》)、《明堂孔穴针灸治要》三部书的内容编纂而成的。皇甫谧认为“三部同归，文多重复，错互非一”，于是“撰集三部，使事类相从，删其浮辞，除其重复，论其精要，至为十二卷”。目的则在于便于学习，便于应用。拿现存的《内经》对照来看，皇甫谧在编纂《甲乙经》时是下了一番选材和整理功夫的。《内经》的主要内容，几乎都被本书选录，所以本书虽为针灸专著，但实际上把中医的基本理论都包括在内了。