南通职业大学的热门专业有应用化工技术、应用电子技术、建筑工程技术、新能源汽车技术、机械制造与自动化、室内设计技术、机械设备装备与自动控制、服装设计与制作、工程造价、会计等。这些专业都是该大学的优势专业，其中应用化工技术和应用电子技术是该校的王牌专业之一。